WFOŚiGW jest regionalną instytucją finansów publicznych i ważnym ogniwem systemu finansowania przedsięwzięć ekologicznych w Polsce, którego istotą jest, że wszystkie wpływy z tytułu opłat i kar za użytkowanie środowiska sa przeznaczane na jego ochronę. Dzięki rzetelnemu gospodarowaniu środkami z każdym rokiem rośnie wartość wsparcia finansowego udzielanego inwestorom przez WFOŚiGW w Poznaniu oraz rośnie wartość jego kapitałów, która obecnie sięga 400 mln zł.

WFOŚiGW uczestniczy w realizacji Programu Operacyjnego Infrastruktura i Środowisko w osiach priorytetowych gospodarka odpadami i gospodarka wodno-ściekowa dla projektów o wartości poniżej 25 mln euro.

W Wielkopolskim Regionalnym Programie Operacyjnym (WRPO) pełni rolę instytucji Pośredniczącej dla Priorytetu III Środowisko przyrodnicze.

Od 15 lat Wojewódzki Fundusz Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej w Poznaniu wspiera przedsięwzięcia ekologiczne. W latach 1999-2007 na ich dofinansowanie przekazał ponad 1,1 mld zł. W roku 2007 wartość udzielonej pomocy wyniosła 156,1 mln zł. Głównymi jej beneficjentami są samorządy, do których trafia 80 proc. środków. Dzięki nim budowane są oczyszczalnie ścieków, kanalizacje, ciepłownie i zbiorniki wodne, prowadzona jest termomodernizacja szpitali i szkół, a także renowacja zabytkowych parków oraz monitoring środowiska. WFOŚiGW wspiera także działalność edukacyjną i badania naukowe. Pomoc udzielana jest w formie dotacji, pożyczek, pożyczek częściowo umarzalnych oraz dopłat do kredytów preferencyjnych Dla osób indywidualnych podejmujących inwestycje ekologiczne we współpracy z BOŚ uruchomiono dopłaty do 9 linii kredytowych.